آنالیز بیوانفورماتیک کدونی ژنوم کلروپلاست گونه های دیپلوئید و مقایسه با ژنوم دو گونه تتراپلوئید پنبه
نویسندگان
چکیده مقاله:
تجزیه کاربردی کدون اهمیت ویژه‌ای در بهینه‌سازی سامانه بیان ژن‌ها در تولید پروتئین دارد. جنس گوسیپیوم مهمترین گیاه تولیدکننده الیاف در دنیای جدید می‌باشد. در این تحقیق توالی کامل ژنوم کلروپلاست دو گونه G.thurberi و G.arboreum توسط نرم افزار کدونW مورد مطالعه و تجزیه قرار گرفت. تجزیه کدون‌های دارای ترادف (RSCU) برای 57 ژن کدکننده پروتئین در ژنوم کلروپلاست این دو گونه به منظور دستیابی به فاکتورهای دخیل در اریبی کدون صورت پذیرفت. تمامی کدون‌های ترجیح داده شده دارای بازهای آلی آدنین و تیمین در انتهای کدون بودند که با عنایت به غنای ژنوم کلروپلاست در خصوص این دو باز پدیده‌ای طبیعی است. آنالیز تطبیقی و روش برآورد تعداد موثر کدون‌ها به صورت نمودار تعداد کدون به منظور تجزیه کاربرد کدون‌های مترادف انجام گرفت. نمودارENC Vs GC3 ، عمده ژن‌های آنالیز شده را معادل یا دقیقا در سمت چپ منحنی قابل انتظار GC3 گروه‌بندی کرد که بیانگر تاثیر محدودیت‌های ترکیب کدونی در تنظیم استفاده ار کدون‌هاست. بر اساس تجزیه تطبیقی، اریبی مشاهده شده در ژنوم کلروپلاست گونه‌های مورد مطالعه با طول ژن، اریبی جهش در ژن‌ها، سطح هیدروپاتی ژن‌های پروتئینی، عملکرد ژن و انتخاب یا بیان ژن بصورت ماهرانه‌ای در کاربرد کدون‌ها تاثیرگذار است. نتایج این پژوهش در فراهم آوردن زمینه برای مطالعات تکامل ملکولی قابل استفاده خواهد بود.
منابع مشابه
آنالیز بیوانفورماتیک ژنوم کلروپلاست پنبۀ دیپلوئید (Gossypium herbaceum) و مقایسه آن با دو گونۀ آلوتتراپلوئید
هشت ژنوم دیپلوئید شامل ژنوم‌های A، B، C، D، E، F، G و K در جنس گوسیپیوم Gossypium شناسایی شده اند. ژنوم A فقط به دو گونه herbaceum و arboreum پنبه های دنیای قدیم محدود شده است و این ژنوم از G. herbaceumبه گونه‌های دیگر انتقال پیدا کرده است. به منظور توالی یابی ژنوم کلروپلاست G. herbaceum (A1) و مقایسه آن با دو گونه G. hirsutum (AD1) و G. barbadense (AD2) توالی‌های ژنوم سه گونه از سایت مرکز مل...
متن کاملآنالیز بیوانفورماتیک ژنوم کلروپلاست پنبۀ دیپلوئید (Gossypium herbaceum) و مقایسه آن با دو گونۀ آلوتتراپلوئید
هشت ژنوم دیپلوئید شامل ژنوم‌های A، B، C، D، E، F، G و K در جنس گوسیپیوم Gossypium شناسایی شده اند. ژنوم A فقط به دو گونه herbaceum و arboreum پنبه های دنیای قدیم محدود شده است و این ژنوم از G. herbaceumبه گونه‌های دیگر انتقال پیدا کرده است. به منظور توالی یابی ژنوم کلروپلاست G. herbaceum (A1) و مقایسه آن با دو گونه G. hirsutum (AD1) و G. barbadense (AD2) توالی‌های ژنوم سه گونه از سایت مرکز مل...
متن کاملبررسی مقایسه ای سیتولوژیکی گونه های حامل ژنوم D در گروه Triticum-Aegilops
از آنجا که گندم نان (T. aestivum) دارای ژنوم D می باشد، دارندگان ژنوم D از جنس Aegilops، می تواند به عنوان منبع آللی مفید قابل انتقالی به گندم نان مورد استفاده قرار گیرد. در این تحقیق نحوه تقارن کاریوتایپی دارندگان ژنوم D از جنس Aegilops و نیز گونه T. aestivum، جهت بررسی ارتباطات تکاملی آنها مورد بررسی قرار گرفته است. در حدود 11 جمعیت متعلق به هفت گونه دارنده ژنوم D برای این بررسی مورداستفاده ق...
متن کاملبیوانفورماتیک و پایگاه‌های اطلاعاتی ژنوم غلات (مطالعه موردی برنج)
پیشرفت فناوریهای نوین و سرعت تحقیقات علم ژنتیک منجر به تولید حجم بالای اطلاعات ژنتیکی در زمینه‌های مختلف نظیر توالی نوکلئوتید‌ها و اسید‌های‌آمینه، عملکرد ژن‌ها و پروتئین‌ها، جهش‌یافته‌ها و فنوتیپ‌های آنها، نشانگرها و استفاده از آنها و موضوعات مرتبط شده است. علاوه بر حجم زیاد اطلاعات ژنتیکی، این اطلاعات پیچیده و دارای تفاوت‌های ظریف در روش‌های آزمایشی هستند که می‌توانند در کیفیت و تفسیر اطلاع...
متن کاملمطالعه مولکولی و آنالیز توالی ژن Wdhn13 (LEA) در گندم های زراعی نان، دوروم و گونه های دهنده ژنومی آنها
سابقه و هدف : پروتئین‌های LEA اولین بار در گندم و پنبه به عنوان پروتئین‌های تجمعی در اواخر دوره جنینی شناسایی و مطرح شدند. بیشتر دسته بندی‌های عمومی ژن‌های LEA به وسیله استنباط از ساختار دمین های پروتئینی یا ویژگی های شیمیایی بدست می‌آید. روش‌های بیو انفورماتیکی روش‌های مفیدی برای مطالعه ژنوم در شرایط خارج آزمایشگاهی می‌باشند. مواد و روشها : در این تحقیق جهت مطالعه ژن Wdhn13 پروتئین های LEA درگ...
متن کاملبیوانفورماتیک و پایگاه های اطلاعاتی ژنوم غلات (مطالعه موردی برنج)
پیشرفت فناوریهای نوین و سرعت تحقیقات علم ژنتیک منجر به تولید حجم بالای اطلاعات ژنتیکی در زمینه های مختلف نظیر توالی نوکلئوتید ها و اسید های آمینه، عملکرد ژن ها و پروتئین ها، جهش یافته ها و فنوتیپ های آن ها، نشانگرها و استفاده از آن ها و موضوعات مرتبط شده است. علاوه بر حجم زیاد اطلاعات ژنتیکی، این اطلاعات پیچیده و دارای تفاوت های ظریف در روش های آزمایشی هستند که می توانند در کیفیت و تفسیر اطلاع...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 32 شماره 4
صفحات 713- 723
تاریخ انتشار 2020-01-21
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023